توفى سيدنا علي رضي الله عنه في ليلة 21 من رمضان على يد عبد الرحمن بن ملجم الذي ضربه بسيف مسموم هو يؤم بالمصلين في الكوفة، في صلاة الفجر، واستمر المه لثلاثة ايام وهو يرقد في الفراش الى ان مات وقد وصى الحسن ان يبقي مكان دفنه سريا حتى لا يدنس ويخرب من قبل الاعداء، وقد بقى هذا السر، ولم يعرف حيث يعتبره الشيعة انه يتواجد في مدينة النجف قرب مسجد الامام، واخرين يقولون انه في افغانستان في مدينة مزار شريف عند المسجد الازرق والبعض يقول انه دفن بحائط جامع الكوفة .